Zbigniew Nowek urodził się w 1959 r. w Bydgoszczy. Z wykształcenia był prawnikiem. Był aktywnym działaczem opozycji w PRL, w lutym 1981 r. kierował strajkiem studenckim na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu, był też szefem NZS na UMK. Od 13 grudnia 1981 r. był ścigany listem gończym. W latach 1981-1984 był jednym z organizatorów podziemnej poligrafii w regionie gdańskim, był wydawcą, redaktorem, drukarzem i kolporterem ulotek.
W 1990 rozpoczął pracę w świeżo utworzonym Urzędzie Ochrony Państwa jako przedstawiciel tzw. solidarnościowego naboru - ludzi związanych z solidarnościowym podziemiem, którzy w służbach specjalnych mieli częściowo zrównoważyć wpływy funkcjonariuszy dawnej SB.
Nowek został szefem delegatury UOP w Bydgoszczy. Pozostał na tym stanowisku także po 1995 roku, gdy po zwycięstwie w wyborach prezydenckich Aleksandra Kwaśniewskiego odszedł szef MSW Andrzej Milczanowski, a zastąpił go wkrótce polityk SLD Zbigniew Siemiątkowski. Po wyborach parlamentarnych w 1997 roku, wygranych przez AWS, Nowek awansował na funkcję zastępcy szefa UOP, a w lutym 1998 został szefem całego Urzędu.
Za jego czasu UOP doprowadził do wydalenia 12 dyplomatów rosyjskich, wydalonych z Polski w styczniu 2000 roku jako szpiegów. Za jego czasów rozpracowano także gang podejrzany o przemyt do Polski, a dalej do Europy Zachodniej 2,5 tony kokainy. W 2000 r. w wywiadzie dla PAP z okazji 10-lecia Urzędu Nowek uznał wykrycie tej siatki szpiegowskiej za największy sukces służb specjalnych po 1989 r. UOP za kadencji Nowka dostosował również niektóre procedury (m.in. ustawa o ochronie informacji niejawnych) do standardów NATO.
W tym czasie powstał także Instytut Pamięci Narodowej. Nowek jako szef UOP podpisał z pierwszym prezesem IPN Leonem Kieresem porozumienie o przekazaniu pierwszych dokumentów.
W czasie procedury lustracyjnej kandydatów na prezydenta w 2000 roku w archiwach UOP odnalazły się dzienniki rejestracyjne SB, w których pod jedną z pozycji zarejestrowany był ubiegający się o reelekcję Aleksander Kwaśniewski. Po oczyszczającym wyroku Sądu Lustracyjnego prezydent powiedział, że "są w Polsce rachunki krzywd" i "niektórzy ludzie nie powinni spać spokojnie". Zapowiedział też, że nie będzie korzystał z materiałów, przekazywanych mu przez UOP pod kierownictwem Nowka. W 2002 r. prokuratura wszczęła - umorzone potem z braku cech przestępstwa - śledztwo w sprawie domniemanych nielegalnych działań UOP przeciw prezydentowi.
"Nie ma dobrego czasu dla szefa służby, żeby przekazać społeczeństwu informację, że aktualny urzędujący prezydent i kandydat w przyszłych wyborach jest w oryginalnym rejestrze SB wykazany jako tajny współpracownik" - mówił w 2000 roku ówczesny szef UOP.
Nowek podał się do dymisji jesienią 2001 roku, po wygranych przez SLD wyborach, w proteście przeciwko szykowanej reformie służb specjalnych, polegającej na podziale UOP na Agencję Bezpieczeństwa Wewnętrznego i Agencję Wywiadu.
Potem był ekspertem sejmowej komisji ds. służb specjalnych oraz sejmowej komisji śledczej ds. PKN Orlen. Lewica domagała się usunięcia go. Jako ekspert komisji PKN Orlen Nowek współpracował z zasiadającym w niej posłem PiS Zbigniewem Wassermannem. Media przypominały, że wcześniej nie mieli oni dobrych relacji. Gdy Wassermann był w rządzie AWS prokuratorem krajowym, miało między nimi dojść do konfliktu, ponieważ prokuratura zatrzymała wiceszefa katowickiej delegatury UOP. Mówiło się o wojnie między resortem sprawiedliwości a tajnymi służbami i było to jednym z powodów dymisji ministra sprawiedliwości Lecha Kaczyńskiego w lipcu 2001 roku.
Do służb Nowek wrócił jesienią 2005 roku, po zwycięstwie PiS w wyborach parlamentarnych. Został szefem Agencji Wywiadu. Jako szef AW, w sierpniu 2006 roku, został przez prezydenta Lecha Kaczyńskiego awansowany na generała brygady. Nowek kierował AW do początku 2008 roku - po zwycięstwie PO i objęciu funkcji premiera przez Donalda Tuska, Nowka na fotela szefa AW zastąpił Maciej Hunia.
W 2008 r. Nowek zapewniał, że za jego kierownictwa nie doszło do naruszeń żadnych procedur przy przyznawaniu mieszkań służbowych AW. Według Nowka informacja o sprawie od p.o. szefa AW Andrzeja Ananicza (który krótko pełnił tę funkcję przed Hunią) to "prowokacja w esbeckim stylu". Ananicz powiadomił premiera, iż poprzednie kierownictwo wywiadu z Nowkiem na czele tuż przed dymisją przyznało sobie mieszkania służbowe.
Na początku 2010 roku Nowek został zastępcą szefa BBN przy Kancelarii Prezydenta - po katastrofie smoleńskiej i śmierci szefa BBN Aleksandra Szczygło krótko był też p.o. szefa Biura. Po zwycięstwie wyborczym Bronisława Komorowskiego w lipcu 2010 roku odszedł z BBN.
Nowek miał liczne odznaczenia i wyróżnienia, m.in. w 2007 r. został odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Zasługi Republiki Litewskiej za zasługi na rzecz litewsko-polskich stosunków międzypaństwowych i bezpieczeństwa obu krajów. W 2009 r. odznaczony został Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski przez Lecha Kaczyńskiego za wybitne zasługi w działalności na rzecz przemian demokratycznych w Polsce.
