Stolica Apostolska wszczęła postępowanie wobec bp. Jana Szkodonia po reportażu w "Gazecie Wyborczej" z lutego 2020 roku. W tekście "Zły dotyk biskupa z Krakowa" kobieta oskarżyła biskupa Szkodonia o to, że molestował ją jako nastolatkę. "Biskup zapraszał ją do sypialni pod pozorem pokazania niedostępnej dla innych części mieszkania (miała wtedy 15 lat). Według jej relacji duchowny kazał jej usiąść na łóżku obok siebie, rozpiął jej stanik, włożył rękę między uda, całował w usta i gryzł w uszy" - czytamy w "Wyborczej".
Szkodoń był pierwszym w Polsce duchownym tak wysokiej rangi, którego sprawą zajął się Watykan. Biskup dostał zakaz pracy duszpasterskiej z osobami małoletnimi i sprawowania publicznie posługi biskupiej do czasu zakończenia postępowania.
Po jego wszczęciu bp Szkodoń wydał oświadczenie. "Stanowczo oświadczam, że przedstawione mi oskarżenia są nieprawdą, oraz że godzą w moje dobre imię, którego zamierzam bronić. Do czasu wyjaśnienia sprawy, nie będę podejmował żadnej pracy duszpasterskiej" - zapewnił. "Proszę o modlitwę w intencji Kościoła oraz o szybkie poznanie pełnej prawdy" zaapelował.
W piątek Nuncjatura Apostolska w oficjalnym komunikacie poinformowała: "Po dokładnej analizie zebranych materiałów dowodowych i po przesłuchaniu powołanych świadków, wina bp. Jana Szkodonia nie została udowodniona (non constat)" - czytamy w komunikacie nuncjatury, cytowanym przez "Gazetę Wyborczą". Według Nuncjatury jedyne, co można zarzucić bp. Szkodoniowi, to "nierozważne zachowanie".
