W lipcu 2008 roku afgańska policja zatrzymała Siddiqui w Ghazni, podejrzewając, że ma przy sobie niebezpieczne materiały chemiczne. Policja dostała sygnał o planowanych atakach w Nowym Jorku. Kobieta została oskarżona o kontakty z Al-Kaidą. Mimo, że nie została oskarżona o terroryzm, prokuratura mówiła o niej jako "przyszłej terrorystce, która planowała atak bombowy w Nowym Jorku".
Sprawa jest bacznie obserwowana przez amerykańskie media.
Wyrok bez odcisków palców, badań balistycznych
Według zeznań agentów Federalnego Biura Śledczego (FBI) i amerykańskich wojskowych, do ataku doszło 18 lipca 2008 roku. Na w afgańskim komisariacie, tuż przed rozpoczęciem przesłuchania, kobieta zdołała przechwycić karabin i otworzyła ogień. Według Amerykanów krzyczała w języku arabskim: "Śmierć Amerykanom" i "Bóg jest wielki". Amerykanie odpowiedzieli ogniem. Siddiqui została ranna, zanim jej samej udało się kogokolwiek trafić. Została sprowadzona do USA. Zarzut: usiłowanie zabójstwa.
- Została przedstawiona jako terrorystka, mimo że nikt nie oskarżył jej o terroryzm. To jedna z tych spraw, w których na sali sądowej decydują uprzedzenia - mówiła jedna z prawniczek występujących w imieniu Siddiqui. Pakistanka kilkukrotnie przerywała wystąpienia oskarżycieli swoimi wybuchami gniewu, po ogłoszeniu wyroku krzyczała że "pochodzi on z Izraela, nie USA".
Siddiqui zeznała, że została postrzelona po tym, jak wyjrzała zza zasłony szukając drogi ucieczki. Podczas procesu nie przyznała się do winy, dowodząc że karabin, z którego miała rzekomo strzelać, nigdy nie został przez ekspertów zbadany i nie stwierdzono, czy ktokolwiek z niego strzelał. Jej prawnicy także podważali zeznania agentów dowodząc, że nie przedstawiono ani odcisków palców z broni, ani śladów prochu.
Jej prawnik, która zapowiedziała już apelację, także utrzymywała w sądzie, że świadkowie zdawali sprzeczne relacje odnośnie tego ile pocisków miała wystrzelić, gdzie znajdowała się w momencie strzelaniny i tego ile osób jej towarzyszyło.
Pięć lat w tajnym więzieniu?
Podczas składania zeznań Siddiqui utrzymywała, z czym zgadzają się różne organizacje praw człowieka, że była przetrzymywana "w tajnym więzieniu (...) w którym torturowano dzieci", zanim została zatrzymana w Afganistanie. Według organizacji praw człowieka Pakistanka była przez Amerykanów przetrzymywana w tajnych więzieniach przez pięć lat poprzedzających jej zatrzymanie w 2008 roku.
Siddiqui rozwiodła się w 2002 roku. Była wówczas w Stanach Zjednoczonych, uczyła się na prestiżowym Massachusetts Institute of Technology. Kobieta ponownie wyszła za mąż - według niepotwierdzonych informacji - za bratanka domniemanego głównego planisty ataków z 11 września, Chalida Szejka Mohammeda. Oficjalnie nie wiadomo co działo się z nią pomiędzy rokiem 2003, gdy wróciła do Pakistanu, a 2008 gdy zatrzymano ją w Afganistanie. Pakistańskie władze zaprzeczyły jakoby miały cokolwiek wspólnego z jej zniknięciem.
Według grup zajmujących się prawami człowieka kobieta była przez pięć lat przetrzymywana w tajnym amerykańskim więzieniu w bazie w Bagram w Afganistanie. Amerykańska armia zaprzeczyła, jakoby kobieta kiedykolwiek tam przebywała.
